Последовательности аминокислот при соединении друг с другом сворачиваются в сотни миллионов причудливых белковых форм, предсказать которые было невозможно — только изучить в лаборатории.
Прогресс наметился с приходом в биологию технологий ИИ, а сейчас готовится прорыв — структура DeepMind компании Google обещает вскоре представить форму всех известных науке белков, что кратно ускорит поиск новых лекарств и приведёт к другим открытиям в биологии.
Компания DeepMind пока не может уйти от Google, но обещает создать открытую базу по всем предсказанным белковым формам. Произойдёт это в течение нескольких месяцев и обещает стать самым грандиозным в истории биологии событием. Программы по предсказанию формы белка разрабатываются многими компаниями и научными коллективами, но пакет AlphaFold DeepMind показал самую высокую точность прогнозирования формы. Эти инструменты находятся в открытом доступе, а готовая база данных по белкам значительно облегчит работу биологов во всём мире — бери и пользуйся.
Пакет AlphaFold может предсказывать форму белков с точностью до атома. Но даже меньшая точность позволяет разрабатывать новые лекарства, предоставляя информацию о приблизительной пространственной конфигурации ранее структурно не изученных белков. Так, если за последние 10 лет биологи смогли изучить строение только 17 % белков человека, то AlphaFold за считанные недели удвоил базу белковых форм человека до 36 %. Эту информацию ещё предстоит проверить, но раньше алгоритм AlphaFold уже доказывал свою способность почти не ошибаться.
Кроме белков человека DeepMind обещает представить белковые формы 20 наиболее изученных организмов от дрожжей до мух дрозофил, мышей и других — до сотен миллионов белковых форм. Сегодня база DeepMind содержит информацию о 350 тыс. предсказанных формах белка, но через несколько месяцев будет расширена до более чем 100 млн форм, где будут почти все более или менее известные науке белки. Изучению пока не поддаются белки, которые принимают пространственную форму при соединении с другими белками, но это будет следующий орешек для ИИ.
Источник: TechnologyReview
